Nadmiar chlorków w wodzie może wskazywać na zanieczyszczenie wydalinami bądź ściekami domowymi. Przekroczenie 75 mg wapnia w 1 litrze wody wpływa negatywnie na przyswajanie składników pokarmowych i leków. Z kolei przekroczona zawartość magnezu (norma 30 mg/l wody dla Ross 308) może powodować niestrawność i biegunki. Niebezpieczny jest także nadmiar azotanów i azotynów, żelaza i siarki w wodzie pitnej. Woda, w której przekroczony został dopuszczalny poziom makro i mikroelemetów oraz ich związków może uszkodzić także sam system pojenia (Mazanowski A., 2011).

W zanieczyszczonej wodzie i w podwyższonej temperaturze namnażają się patogenne drobnoustroje (E.coli, Pseudomonas, Proteus i in.), które mogą przyczyniać się do wywoływania chorób kurcząt rzeźnych.

Jakość wody można poprawić m.in. poprzez jej filtrowanie oraz zakwaszanie preparatami zawierającymi kwasy organiczne. Zachowanie higieny pojenia zależy również od zastosowanego systemu pojenia. Podawanie wody brojlerom za pomocą poidełek kropelkowych znacznie zwiększa higienę pojenia oraz pomaga zachować dobrą jakość ściółki, gdyż ptaki pijąc wodę z tego typu poidełek nie rozchlapują jej na ściółkę.

Przed rozpoczęciem kolejnego wstawienia ptaków, cały system pojenia musi zostać dokładnie oczyszczony, zdezynfekowany i przepłukany. Jeśli w trakcie odchowu ptaków zostanie zauważona zmiana smaku i zapachu wody, zmniejszone łaknienie i pragnienie kurcząt, obniżenie przyrostów masy ciała, usterki urządzeń służących do pojenia, tworzenie się biofilmu, należy niezwłocznie reagować przywracając sprawność i higienę systemu pojenia ptaków.