Nie ma wątpliwości, że wraz z rozwojem wielkości stad trzody chlewnej ciągle narasta zagrożenie ze strony ujawniania się skutków zakażeń drobnoustrojami chorobotwórczymi. W wyniku przewlekłych i nagłych chorób związanych z zaniedbanym stanem sanitarnym chlewni narażamy własne zwierzęta na zwiększoną częstotliwość występowania chorób, których zwalczanie jest kłopotliwe, generuje dodatkowe straty produkcyjne i często powoduje wydłużenie okresu tuczu.

Zostało doświadczalnie wykazane, że nieregularne przeprowadzanie dezynfekcji i mycia chlewni powoduje: spadek dziennych przyrostów tuczników o ok. 1 proc., wzrost zużycia paszy o 5  - 6 proc., a także może spowodować nagły wzrost upadków nawet do 23 proc. Takie zjawisko często jest nazywane zmęczeniem budynku lub zespołem chorego budynku.

Obserwowane obniżenie formy produkcyjnej stada wynika ze znacznego nagromadzenia się drobnoustrojów w chlewni. Dezynfekcja, musi wówczas doprowadzić do takiego stanu, że na powierzchni 1cm2 wnętrza budynku, będą nie miliardy drobnoustrojów, ale co najwyżej 1000.

Duża część chorób nawet, jeżeli nie są obserwowane objawy kliniczne, to powszechnie występuje w postaci subklinicznej - trudnej do zidentyfikowania i wyeliminowania ze stada.

Powoduje to zwiększone koszty i jednocześnie straty dla hodowców i producentów trzody chlewnej, które objawiają się przede wszystkim mniej licznymi miotami i gorszymi przyrostami. Jeżeli producenci nie zadbają o zapewnienie jak najlepszego poziomu higieny w swoich chlewniach, to prędzej czy później mogą zapomnieć o efektywnej produkcji.
 
Podczas przeprowadzania dezynfekcji, często dochodzi do nieprawidłowego oczyszczenia pomieszczeń. Jeżeli budynek nie zostanie dokładnie uprzątnięty to możemy liczyć na prawidłowe działanie środka dezynfekującego, ponieważ brudu nie można zdezynfekować.

Przyczyna jest bardzo prosta – przy rozprowadzaniu preparatu na brudne pomieszczenie środek jest pochłaniany przez zanieczyszczenia, które w chlewni stanowią głównie składniki organiczne - w tym białko, które przy kontakcie z silnym preparatem ulega denaturacji, co zmniejsza poziom wnikania dezynfekanta w głąb powierzchni i w efekcie w mniejszym stopniu unieczynnia chorobotwórcze drobnoustroje.

Przy przeprowadzaniu dezynfekcji trzeba też pilnować  aby zawsze stosować odpowiednie stężenia preparatów. Nie można tu ani oszczędzać ani też zwiększać skuteczności preparatu poprzez zwiększanie jego dawki według własnego uznania.

W efekcie duże stężenie może powodować przejście niektórych drobnoustrojów w formy przetrwalnikowe, a zbyt małe będzie po prostu nieskuteczne. W tym temacie musimy zaufać producentom preparatów i dokładnie przestrzegać zalecanych stężeń, wcześniej jednak przygotowując odpowiednio pomieszczenie przed planowaną dezynfekcją.

Nowoczesne środki wykazują się zazwyczaj szerokim spektrum działania, gdyż są wytwarzane na bazie trwałych kwasów nadoctowych (APP) i zwalczają także wirusy. Trzeba jednak pamiętać, że nawet jeżeli używamy środka do dezynfekcji najnowszej generacji to nie można go stosować w nieskończoność. Drobnoustroje szybko się namnażają, co powoduje, że równie szybko nabierają odporności na poszczególne substancje chemiczne. Dlatego powinniśmy zmieniać preparat mniej więcej co trzy cykle dezynfekcyjne.

Przy wyborze środka do dezynfekcji należy zwrócić uwagę czy preparat jest wieloskładnikowy, gdyż te są najbardziej skuteczne, ponieważ charakteryzują się szerszym spektrum działania na różnego rodzaju drobnoustroje - składniki, których musimy szukać na ulotce to np: aktywny chlor lub IV-rzędowe sole amonowe.
 
Najważniejszą informacją jaką powinniśmy uzyskać od dystrybutora to potwierdzenie, - że kupowane środki do dezynfekcji działają skutecznie bez względu na temperaturę powietrza w pomieszczeniu, wody używanej do zabiegu, a także poziom wilgotności w budynku.

Ich skuteczność - trwałość przy kontakcie z powierzchnią dezynfekowaną budynku zapewniają stabilizatory, które powodują, że ich aktywność i dogłębne działanie nie zmienia się pod wpływem różnych czynników mikroklimatycznych w chlewni.